1632. gadā, kad Polijas seims bija atzinis Jēkabu Ketleru par hercogu, Kurzeme ieguva lielāku autonomiju. Līdz ar to katoļu ticībai bija jādod tādas pašas tiesības kā luterticībai un jāuzceļ divas jaunas mūra baznīcas. Vienu no tām – Kuldīgā. Jaunā dievnama vieta tika izvēlēta zemesgabalā pie tirgus, kvartālā starp tagadējām Liepājas, Baznīcas, Tirgus un Raiņa ielām. Tika nojauktas tur esošas būves un 1641. gadā tika apstiprinātas katoļu draudzes īpašumtiesības uz zemesgabalu un uzsākta baznīcas celtniecība. Reizē ar baznīcu celtas arī saimniecības ēkas – stallis, ratnīca un klēts. Baznīca iesvētīta 1649. gadā Vissvētās Trīsvienības godam.