Stacija Zemgale kā robežstacija iekātota 1922. gadā dzelzceļa iecirknī Daugavpils - Kauņa. Kustība pa šo dzelzceļa līniju līdz ar Pirmā pasaules kara sākšanos tika pārtraukta, to atjaunoja 1922. gadā. 1928. gadā pēc arhitekta J. Neijas projekta uzcelta jauna stacijas ēka. 1944. gadā daļa ēkas tika sabojāta un nojaukta. Saglabājusies daļa 2006. gadā pārtapa par Zemgales Romas katoļu baznīcu