Alauksta ezers atrodas Vidzemes augstienē, Piebalgas paugurainē, tādēļ tas ir arī viens no augstākajiem ezeriem Latvijas teritorijā – atrodas aptuveni 203 m virs jūras līmeņa; Alauksta ezers ir lielākais ezers Vecpiebalgas ezeru grupā un Vidzemes augstienē. Ezera platība ir 7,75 (kopā ar salām – 7,77) kvadrātkilometri, garums ir 4,8 km (Ziemeļrietumu–Dienvidaustrumu virzienā), platums ir 2,45 km, vidējais dziļums – 3,3 m (lielākais – 7 m). Ārējā krasta kontūra Alaukstam ir 15 km gara, to izrobo daži ielīči. Ezera dibens pārvarā ir līdzens, taču ir atsevišķi zemūdens „kalni” un plašāki sēkļi. Ezera noteka sākotnēji bija Gaujiņa (kādreizējā Gaujas sākumupe), bet tā vairs nefunkcionē, tādēļ Alauksta Dienvidrietumos ir izrakts Silakroga grāvis, kas novada liekos ūdeņus uz Taunu. Caur Vecpiebalgas ezeriem Alauksta ezers ir saistīts ar Ogres pieteku Sustalu.