Pirmā koka baznīca Aknīstē būvēta 1774. gadā. Jauna baznīcas ēka būvēta 1940. gadā pēc Kauņas Augšāmcelšanās baznīcas plāna, modernā stilā. Lielais koka altāris, kancele un abi sānu altāri darināti renesanses stilā kokgriezumos 1809. gadā. Kādreiz tie greznojuši Rokišķu Dievnamu. Pēc jauna altāra un kanceles uzbūvēšanas Rokišķu baznīcā, tie pārvesti uz Aknīsti. No Rokišķiem pārvestas arī Vissvētākās Jaunavas Marijas un Svētā Jāņa statujas, pie kolonnām novietoti Svētā Pētera un Pāvila tēli un augšā – Svētā Ignata tēls. Pārējais baznīcas inventārs ir izmantots no vecās koka baznīcas