Baznīca ir celta 1789. gadā pēc Kristofa Hāberlanda (Haberland, Haverland) projekta. Pēc Latvijas Igaunijas robežas nosparaušanas 1920. gadā, Svētā Jāņa baznīca palika Igaunijas pusē, bet Latvijas pusē - trešdaļa draudzes. Svētā Jāņa baznīcas mācītājam bija jāaprūpē arī Valgā palikušie latvieši. Līdz vāciešu izceļošanai 1939. gadā pastāvēja arī Vācu draudze. Baznīcas arhitektūra veidota baroka stilā, uz kuru bez ovālā plānojuma norāda arī smagais mansards jumts un nesadalītā zāle.